Tak hanya menyimpan potensi migas yang besar, kawasan Laut Natuna juga menyimpan kekayaan perikanan yang berlimpah. Wilayah yang berbatasan langsung dengan Malaysia, Vietnam, dan Kamboja ini memiliki total potensi perikanan tangkap mencapai satu juta ton per tahunnya. Tiga kelompok ikan dengan jumlah potensi tertinggi, yaitu ikan pelagis besar 621 ribu ton, demersal 334 ribu ton, dan pelagis besar 66 ribu ton per tahun.
Potensi besar itu menjadikan sektor usaha perikanan tangkap khususnya di wilayah Natuna ditutup 100 persen dari keterlibatan asing melalui Peraturan Presiden nomor 44 tahun 2016 tentang Daftar Bidang Usaha yang Tertutup dan Bidang Usaha yang Terbuka. Ditutupnya investasi asing di bidang perikanan tangkap bertujuan untuk membuka akses yang lebih besar bagi investor lokal.
Selain di sektor perikanan tangkap, pengembangan industri perikanan di wilayah Natuna juga diarahkan pada sektor industri. Pemerintah merencanakan membangun sentra kelautan dan perikanan terpadu untuk meningkatkan upaya pengelolaan perikanan tangkap dari 9,3 persen menjadi 40 persen dari stok ikan lestari. Khusus di industri pengolahan ikan, investasi asing dibuka untuk pihak asing hingga 100 persen.
